খালিদ শেখ মোহাম্মদের বিরুদ্ধে অভিযোগ, বাণিজ্যিক উড়োজাহাজ চালানোর জন্য পাইলটদের প্রশিক্ষণ দিয়ে সেগুলো নিয়ে হামলার পরিকল্পনা তিনিই করেছিলেন। পরে তিনি সেই পরিকল্পনা আল-কায়েদা নেতা ওসামা বিন লাদেনের কাছে নিয়ে যান।
যুক্তরাষ্ট্রে পড়াশোনা করা প্রকৌশলী খালিদ শেখ মোহাম্মদকে ২০০৩ সালের মার্চে পাকিস্তান থেকে গ্রেপ্তার করা হয়। তাঁর সঙ্গে মুস্তফা আল-হাওসাইকেও গ্রেপ্তার করা হয়েছিল।
খালিদ শেখ মোহাম্মদ এর আগে দাবি করেছিলেন, ২০০১ সালের ১১ সেপ্টেম্বরের হামলার পুরো পরিকল্পনা শুরু থেকে শেষ পর্যন্ত তিনিই করেছিলেন।
মার্কিন সরকারের ভাষায়, ওই হামলা ছিল আধুনিক সময়ে যুক্তরাষ্ট্রের মাটিতে সংঘটিত ‘সবচেয়ে গুরুতর অপরাধমূলক কর্মকাণ্ড’।
খালিদ শেখ মোহাম্মদকে ২০০৩ সালে গ্রেপ্তারের পর বিভিন্ন গোপন আটককেন্দ্রে রাখা হয়। ২০০৬ সালের সেপ্টেম্বর থেকে তাঁকে কিউবার গুয়ানতানামো বে কারাগারে বন্দী রাখা হয়েছে।
